理想的生豆儲藏環境有以下要件: 避免接觸溼氣、異味，並且能減緩呼吸作用，阻止氧氣進入豆內。
理想的生豆儲存環境，相對溼度應該穩定維持於60%左右，太乾燥的環境容易使生豆的含水量低於理想值(10.5%-12%)，顏色變淡，使風味變的呆板，出現草味。
而太過潮濕的環境則容易使生豆發霉。生豆也不適合在高溫的環境下保存，在室溫超過25度C、陽光直射或過於接近烘豆機熱源的地點，生豆很可能幾天內就會壞掉了。
在理想的環境下，生豆可以保存一年以上而不會腐敗，但預期風味比較有明亮果酸調性的、水洗處理法的豆子，如非洲肯亞AA、夏威夷Kona等，為保留水果香氣，早點烘完為佳。一些亞洲的、大眾口味偏向中深烘的豆種，例如曼特寧，則可容許儲藏較久，甚至有保存五年以上的「陳年豆」等商品。
目前市面上生豆商常見的包裝運送方式，最經濟實惠的是麻布袋、效果最佳的是真空密封，也有專門用來保存稀有品種或極熱地區使用的冷凍真空包裝。
麻布袋雖然可以隔絕陽光直射，卻很難達到防潮或隔絕異味的要求。
相對的，真空密封的批次，相關設備和技術的成本較高，也會間接拉抬生豆的價格以及運送、販售的時間。
在家烘豆的玩家，只要將豆子存放在家中通風、不潮溼、不會被陽光直曬的地方，用家中常用的夾鏈袋或米桶等容器保存生豆，只要盡快烘完都不會有問題。尤其不需要跟生鮮蔬果一起放冰箱冷藏櫃(避免冰箱的水氣與異味)，如果真的有長久保存高價位生豆的需求，可以採用獨立、可以控制溼度(60%)的冷凍設備。
生豆的保存期限並沒有一定，只要生豆的翠綠色不要擺到變成白色甚至黃褐色，出現明顯的蟲蛀黑斑等瑕疵現象，都是可接受的範圍。至於風味是否會不會流失，表現是否滿意，還是需要以烘出來後沖煮的感受為準。
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